Chùa Cây Mai được xây dựng năm nào không rõ, nhưng căn cứ vào câu "Năm Bính Tý, Gia Long thứ 15 (1816), có nhà sư nhân sửa chùa đào được nhiều tấm ngói gạch lớn:...của Trịnh Hoài Đức, thì vào năm ấy chùa đã được tôn tạo lại. Theo Nguyễn Hiền Đức thì rất có thể đến đời vua Thiệu Trị (1841-1847), chùa Ân Tông phải đổi lại là chùa Mai Sơn vì "kỵ húy" (tên vua là "Nguyễn Phúc Miên Tông").[6]

Trước khi quân Pháp đến uy hiếp Đà Nẵng vào năm Mậu Ngọ (1858), chùa Cây Mai và gò Mai là nơi tụ hội để sáng tác, thưởng thức và phổ biến văn chương của nhiều thi nhân, trong đó có các cây bút của Thi xã Bạch Mai[7], như: Phan Văn Trị, Bùi Hữu Nghĩa, Nguyễn Thông, Trần Thiện Chánh, Tôn Thọ Tường, Hồ Huân Nghiệp và Trương Hảo Hiệp [8]...

Đến năm 1859, quân Pháp chuyển hướng đánh thành Gia Định. Quân nhà Nguyễn từ Định Tường, Vĩnh Long được lệnh kéo lên chi viện, tập trung ở quanh chùa Cây Mai. Quân Pháp tiến đánh, quân Việt thua trận phải rút chạy về Định Tường.

Bốn ngôi chùa bị quân Pháp chiếm làm đồn (màu vàng) nhằm tạo thành "chiến tuyến các ngôi chùa" (lignes des pagodes) để chuẩn bị tấn công Đại đồn Chí Hòa (màu cam) của quân Việt vào tháng 2 năm 1861.

Vào tháng 7 năm 1860, Chuẩn đô đốc Page, người thay thế Phó đô đốc Rigault de Genouilly, đã cho quân chiếm đóng một số đền chùa để lập đồn bót, gọi là Phòng tuyến các chùa (ligue des Pagodes) trải dài từ Thị Nghè đến Phú Lâm, gồm chùa Khải Tường (Pagode Barbé), đền Hiển Trung (Pagode des Mares), chùa Kiểng Phước (pagode des Clochetons) và chùa Cây Mai (Pagode de Caï-maï)...để làm những cứ điểm xuất phát đánh lên Đại đồn Chí Hòa do tướng Nguyễn Tri Phương trấn giữ.

Ngoài vai trò trên, quân Pháp còn cố chiếm giữ chùa Cây Mai để bảo vệ nơi tồn trữ lúa gạo lớn nhất nước Việt lúc bấy giờ. Viên Trung úy Hải quân người Pháp là Léopold Pallu sau này đã cho biết rằng:

"Kể từ tháng 6 năm 1860, quan quân An Nam có ý cô lập người Pháp với thành phố Tàu (Chợ Lớn), nơi tồn trữ gạo mà người Pháp đem xuất đi từ cảng Sài Gòn. Dựa vào một lực lượng khá mạnh, địch quân (quân Việt) khoét ra ở góc phía Bắc thành Kỳ Hòa một cửa hầm đôi vào đào một đường hố dài chia cắt đồn Cây Mai với thành phố Tàu, mục đích cô lập ta, buộc ta phải bỏ đồn (Cây Mai). Mấu chốc của tình thế là phải giữ vị trí này để không mất thị trường Tàu...Việc sửa sang chùa để làm nơi phòng thủ bắt đầu ngay tức thời"...[9]

Nhắc lại giai đoạn này, Nguyễn Hiền Đức kể:

Từ khi quân Pháp chiếm chùa Cây Mai làm đồn lính, nghĩa quân Việt bí mật đóng tiền đồn ở chùa Phụng Sơn (chùa Gò) để quan sát việc điều động binh của Pháp ở đồn Cây Mai...Đồn Cây Mai đã từng là chiến địa của nghĩa quân Việt và quân Pháp xâm lăng. Nơi đây có thể còn là nơi bắt giam giữ và điều tra những nghĩa quân kháng chiến Việt Nam bị Pháp bắt...Tương truyền, từ khi chùa Cây Mai bị triệt bỏ làm đồn, các vong hồn cứ hiển lộng quấy phá binh lính...người Pháp không dẹp được. Cuối cùng, viên sĩ quan Pháp phải nhờ người thỉnh giáo thọ Huệ Nhơn và chư tăng ở chùa Giác Viên đến đồn cầu siêu, từ đó các vong hồn không còn quấy phá như trước nữa. Viên trưởng đồn tôn phục quá nên xin với Thống đốc Nam Kỳ phong cho sư chức hòa thượng. Vì vậy, giáo thọ Huệ Nhơn được người thời đó gọi là "Hòa thượng Tây phong".

Sau, có vợ chồng hộ trưởng Huỳnh Thoại Yến xin với nhà cầm quyền Pháp cho di dời chùa ra ở chân đồi Mai và thỉnh thiền sư Liễu Tánh hiệu Bảo Chất (1835-1893) về trụ trì...Khoảng năm 1909-1910, do nhu cầu chỉnh trang đô thị nên chùa lại phải dời vào vùng Bà Hom...[10].

Hiện nay, nơi gò Mai vẫn là một doanh trại của quân đội, và trên gò chỉ còn một miếu thờ bên một cội mai già cỗi (ảnh).